Sus Fábulas morales fueron escritas para que sirvieran de lectura a los alumnos del Real Seminario Patriótico Vascongado, de Vergara. En 1781 se publicaron en Valencia los cinco primeros libros con el título de Fábulas en verso castellano y en 1784 aparecieron en Madrid en su versión definitiva: nueve libros con 157 fábulas. Están inspiradas en las obras de los fabulistas clásicos Esopo y Fedro, del francés Jean de La Fontaine y del inglés J. Gay. Tienen propósito didáctico. Su estilo es sencillo. Samaniego se enemistó con Tomás de Iriarte —que había sido su amigo— cuando éste publicó sus propias fábulas, un año después que las suyas, y dijo que eran «las primeras fábulas originales en lengua castellana».