Biotechnologie wird in vielen Bereichen der Aquakultur eingesetzt, auch im Bereich der Ernährung. Die Kosten für Fischfutter machen etwa 50 % der Kosten für Meeresfarmen aus, da die Futtermittelformulierung hauptsächlich von Fischmehl und Fischöl abhängt. Meeresfische sind nicht auf Kohlenhydrate als Energiequelle in ihrem Futter angewiesen und können diese nicht effizient verdauen, sodass sie auf Fischöl als Hauptenergiequelle und möglicherweise auch auf Proteine angewiesen sind. Die Biotechnologie sucht nach unkonventionellen Alternativen zu Fischmehl und -öl und nach Möglichkeiten, die Kohlenhydratverwertung bei Fischen zu verbessern, beispielsweise durch den Einsatz von Exoenzymen, Probiotika, Fischprogrammierung oder sogar Gentransfer. Die Biotechnologie hilft bei der Eindämmung von Krankheitsausbrüchen in der intensiven Marikultur durch den Einsatz von Antibiotika-Alternativen. In jüngster Zeit wird in der Aquakultur das Konzept der "intelligenten Nahrung" angewendet, das auf der Zugabe von Lebensmittelzusatzstoffen basiert. Epigentik ist ein neues Konzept in der Ernährungsbiotechnologie, das bei der Programmierung von Fischen durch Ernährung zum Einsatz kommt. Biotechnologie wird in Fischbrutbetrieben, Biofloc- und Periphyton-Systemen eingesetzt. Biotechnologische Hilfsmittel werden derzeit entwickelt, um den Marikultursektor zu verbessern und weiterzuentwickeln und die Futter- und Produktionskosten zu senken.